🧬Не є секретом, що терапія орфанних хвороб коштує багато. Тому є різні причини, серед яких складність і вартість виробництва, маленька кількість пацієнтів з певним захворюванням.

💊 Деякі препарати приходиться приймати пожиттєво, або довгим курсом. Як ви вважаєте, скільки приблизно коштує найдорожча терапія орфанної хвороби з існуючих, із розрахунку на рік?

Відео лекції Comparative cross-species transcriptomics for lifespan, яку нещодавно прочитав Ursu Eugen з Institute of Biochemistry of the Romanian Academy. Приємного перегляду.
https://youtu.be/-oZHYYkMShk

Сьогодні розпочалася реєстрація на PhD програму у Cologne Graduate School for Ageing Research.

Дедлайн: 17 листопада
Перелік груп і можливих наукових проєктів: http://bit.ly/30N1Po8
Подача документів: http://bit.ly/2PymSK7

Бажаємо успіхів!

Побачив у чаті однієї професійної спільноти.

Як у вірного адепта Google подібних проблем у себе не очікую, але ще одне нагадування, що програмні помилки можуть дискредитувати навіть достовірні наукові дані.

Минулої суботи ми провели біомедичний журнальний клуб по статті, яка базується на повногеномному пошуку асоціацій (GWAS). Сьогодні опублікували запис онлайн-зустрічі:
https://www.youtube.com/watch?v=m8TQZADXzzw

👨‍⚕️👩‍⚕️ Ця зустріч була успішною завдяки ентузіазму Олександра Шинкаренко та Валерії Теліженко, які підготували огляд статті Ganna et al. "Large-scale GWAS reveals insights into the genetic architecture of same-sex sexual behavior", та усій команді Genomics UA, яка організувала зустріч та запис.

Запрошуємо подивитися запис, якщо вам цікава стаття чи приклад використання GWAS.

А якщо ви бажаєте запропонувати статтю для огляду чи взяти участь у наступній зустрічі журнального клубу, напишіть мені чи будь-кому з команди Genomics UA.

🖥 Ми будемо вдячні за підписку на нашу сторінку:
https://www.facebook.com/GenomicsUA/
https://www.t.me/GenomicsUA/

Протеомний аналіз при хворобі Фабрі

🧬 Хвороба Фабрі (ХФ) — це Х-зчеплене порушення лізосомального зберігання глікосфінголіпідів, яке вражає приблизно 1 на 40 000 — 117 000 чоловіків. Жінки можуть мати різні прояви цього захворювання, хоча його частота у жінок невідома. Без лікування ХФ може призвести до поліорганної недостатності, а тривалість життя таких пацієнтів може бути скорочена до 20 років у порівнянні з загальною популяцією.

ХФ викликається патологічними варіантами гена GLA. Відомий механізм ХФ пов'язаний з продуктом GLA, ферментом альфа-галактозидазою А. Його відсутня або недостатня активність викликає накопичення глікосфінголіпідів у різних клітинах і тканинах, що призводить до різноманітних клінічних проявів. Класичний фенотип може бути присутнім з дитинства і включає невропатичний біль або біль у кінцівках, що провокується різними тригерами, доброякісні ураження шкіри, помутніння рогівки, залучення ШКТ та неспецифічні симптоми. Залучення ниркової, серцево-судинної та цереброваскулярної систем спричиняє більшість летальних випадків.

Те, що захворювання є рідкісним, а його симптоми не є специфічними, сприяє неправильній діагностиці або не врахуванню ХФ лікарями. Діагностика широко доступна і включає молекулярно-генетичне тестування, аналіз активності альфа-галактозидази A, іноді біопсії тканин або органів. Враховуючи, що терапія дуже дорога (150 000 - 250 000 доларів США на рік), важливо оцінити залучення органів та відповідь на лікування.

Хоча надійність деяких підходів для таких цілей наразі досліджується (наприклад, виявлення глікосфінголіпідів у рідинах організму), автори недавньої роботи, опублікованої у Journal of Medical Genetics, вирішили дослідити альтернативний діагностичний підхід.

Doykov I.D. et al використовували підхід моніторингу множинної реакції (MRM) на основі рідинної хроматографії — тандемної мас-спектрометрії. Вони розробили протеомний чип, здатний виявити сорок один протеїн в 1 мл сечі та протестували його на біоматеріалі шістдесяти шести пацієнтів із підтвердженою ХФ, які взяти участь у дослідженні. Білки були відібрані на основі попередніх протеомних експериментів або на уявленні, що вони можуть відображати патологічні процеси органів, уражених ХФ.

Аналіз цих біомаркерів, враховуючи залучення різних органів у хворобу, показав, що двадцять з них співвідносяться із патологічними змінами в органах і мають бути більш детально досліджені в наступних роботах. Крім того, аналіз показав, що ці біомаркери можна розділити на кілька груп для підтвердження діагнозу ХФ, в тому числі у безсимптомних пацієнтів чи пацієнтів ранніх стадій, а також для досліджень реакції на лікування або прогресування захворювання

Подальші дослідження можуть підтвердити актуальність цих біомаркерів у різних груп пацієнтів з діагнозом ХФ; крім того, ці перспективні висновки можуть стимулювати вчених розробити протеомні чипи для інших захворювань лізосомального накопичення.

Якщо такий підхід і вибрані біомаркери виявляться надійними, ми можемо отримати новий швидкий та неінвазивний діагностичний інструмент для прийняття клінічних рішень у пацієнтів, які підозрюються на ХФ, або вже мають підтверджений діагноз.

📋 Джерело:
Doykov ID, Heywood WE, Nikolaenko V, et al
Rapid, proteomic urine assay for monitoring progressive organ disease in Fabry disease
Journal of Medical Genetics Published Online First: 13 September 2019.
http://dx.doi.org/10.1136/jmedgenet-2019-106030

🖥 Додаткові матеріали:
+Fabry disease
https://ghr.nlm.nih.gov/condition/fabry-disease
+Fabry disease
https://www.orpha.net/consor/cgi-bin/OC_Exp.php?Expert=324&lng=EN
+Fabry disease: Clinical features and diagnosis
https://www.uptodate.com/contents/fabry-disease-clinical-features-and-diagnosis

Джерело зображення:
https://www.sanofigenzyme.com/en/about-us/our-stories/living-with-fabry-disease-then-and-now

Друзі, хочу поділилися посиланням на канал, на який я підписаний.

🧬🔬👩‍⚕️"Генетика курильщика" - канал від медичного генетика з Рівненського медико-генетичного центру. Люблю читати, бо там про "клінічне життя", а ще там смішні меми.

Ось така проста ілюстрація із декількома цифрами про рідкісні хвороби від організації з UK.

Джерело зображення: https://www.genomicseducation.hee.nhs.uk/

Попереду вихідні для нас (але не для наших клітин), тому тримайте позитивне про клітинну комунікацію

Сьогодні було оголошено лауреатів Нобелівської премії 2019-го року. В категорії "Фізіологія чи медицина" премію розділили троє вчених: William G. Kaelin Jr, Sir Peter J. Ratcliffe та Gregg L. Semenza.

Нагороджені вони "за їх відкриття того, як клітини відчувають і пристосовуються до наявності кисню".

Подивитися пряму трансляцію анонсу, стислу презентацію про відкриття та інтерв'ю можна на офіційному сайті Фонду Нобеля:
https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/2019/summary/

Хижацькі журнали

Бувають різні "листи щастя". В одних вам пропонують отримати у спадок від Нігерійського принца мільярд грошей, а в інших — опублікуватися у Scopus/WoS/ДАК виданні дуже швидко й за певну суму. Хоча останні листи схожі на такі, що мають відношення до науки, насправді ці два різновиди приблизно однакові.

Хижацькі журнали — це такі, де майже відсутні редакторська політика та peer review. Вони існують лише для того, щоб заробити грошей на довірливих авторах чи псевдонауковцях, закритися, а потім відкритися під новим ім'ям.

Іноді вчені тролять такі журнали. Ось, наприклад, журнал "IOSR Journal of Pharmacy and Biological Sciences" прийняв до публікації статтю "Новітні засоби боротьби з міжгалактичними паразитами та їх передача в моделюванні Зігеріона".

Фанати серіалу "Рік та Морті" вже здогадалися, про що ця стаття, а для всіх інших наведу декілька цитат:
-"We introduce the Magnetic Oddities Radiation TherapY (MORTY) which has never been explored by the scientific community"
-"The Inter-galactic parasitic infection Schlodomoniasis can be chemically induced by Tartaric acid (chemo-convulsants agent). "
-"Inter-galactic parasites carry a whole lot of turbulent juice which can cause several health complications. "
Повна версія статті: http://bit.ly/2BdfRUR

Скоріш за все, справжнє дослідження з подібного журналу ніколи не прочитають та не процитують. На жаль, в Україні таких журналів дуже багато. Журналів, які взагалі хоча б індексуються Scopus/WoS на всю країну біля 118, з них сім медичних, а найбільший показник цитування серед них — 0,366. Це означає, що за останні два роки кожну статтю процитували в середньому 0,366 рази. (http://bit.ly/2MyOutC)

Тому, коли ви бачите поважних професорів чи молодих вчених, які пишуть, що мають 100500 публікацій і кілограм патентів, перед тим, як кланятися науковому божеству, перевірте, в яких саме журналах опубліковані їх роботи.

Бажаю вам публікацій лише в гарних журналах і не хворіти.

🔬🧬💊 Доволі часто друзі та колеги запитують про мою PhD програму. Вирішив написати лонгрід про це на каналі.

Розпочну з того, що в цей інститут, Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences (далі — CeMM), я пройшов з другої спроби. У 2018-му році я не пройшов через один з етапів відбору. Хоча паралельно я подавався до інших місць, а у 2019-му отримав ще одне запрошення, я вирішив працювати в CeMM. Чому?

Я добре розумію власні професійні сильні та слабкі сторони. Хоча ступень M.D. дає певних переваг щодо участі у трансляційних дослідженнях (тобто таких, де фундаментальні дослідження проводяться для наступного використання їх результатів у клінічній медицині), я в певних речах слабкіший кандидат за, скажемо, молекулярного біолога чи біохіміка. Одною з причин мого фокусу на CeMM було те, що PhD програма тут включає вступний курс, щоб знайти пропуски у знаннях та дізнатися, що відбувається у суміжних напрямах.

Взагалі, це один з небагатьох інститутів, де відверто писали, що зацікавлені в кандидатах з дуже різним профілем. Так, один інститут у Франції, де у 2018-му шукали кандидатів на PhD програму з вимогою "MSc in life sciences or related fields", відмовив мені, бо, як виявилося, їм на цю позицію підходив лише біолог, а чого хтось таке написав — не знають. Буває і таке. У CeMM разом зі мною почали програму люди із наступними бекграундами: біологія, медицина, біомедична інженерія, математика, хімія.

Хоча я і є частиною CeMM, я відношусь до Ludwig Boltzmann Institute for Rare and Undiagnosed Diseases. Це партнерський інститут, до напряму якого належить тематика мого проєкту. А ще я зареєстрований у Medical University of Vienna, бо там я проходжу частину курсів і моя програма формальна акредитована через цей університет. Перші декілька тижнів я намагався зрозуміти цю потрійну афіліацію, проте зараз мені здається ця система цілком логічною.

Відразу після приїзду в серпні я зміг попрацювати в експерименті з PhD проєкту моїх колег з лабораторії, а до кінця жовтня мій розклад виглядає так: з 9:00 до 17:00 вступний курс з семінарами та лекціями в CeMM, з 17:00 до 19:00 — обов'язковий курс по клітинній та молекулярній біології для медиків у MedUni, на який також ходять лікарі-резиденти та MD-PhD. Все це я намагаюсь балансувати із курсами німецької, зустрічами в лабораторії та додатковим журнальним клубом, який я вирішив взяти у цьому семестрі. А з листопаду в мене розпочнеться ротація в іншій лабораторії.

Ідея така, що, окрім PhD тези та публікацій, в мене за чотири роки повинна бути набрана певна кількість ECTS, які враховуються за курси, семінари та журнальні клуби. Перший семестр більш-менш детермінований, проте далі свобода і можна обирати найбільш релевантні курси.

Зараз я працюю над планом проєкту, перші кроки буду робити ближче до кінця року, а навесні буду захищати його перед PhD committee, від рішення якого буде залежить, чи продовжать мені контракт, чи буде проєкт саме таким, як я запланував, тощо.

Мені подобається такий графік, бо завжди продуктивно зайнятий. А ще подобається те, що цей інститут — це не "палац страху", який я часто бачив раніше, а місце із потужною робочою культурою. Деякі речі в мене, як у людини зі Східної Європи, й досі викликають розрив шаблону. Наприклад, сьогодні вечірню лекцію по протеоміці читав науковий директор інституту, якій, в розмові після заходу, подякував за те, що відвідав його лекцію.

На сьогодні все, на добраніч. Піду аналізувати статтю для завтрашнього журнального клубу та буду радий новим запитанням!

PhD позиція: де шукати та що робити?

Про наукову кар'єру я почав думати після третього курсу, коли в медичному університеті закінчилися фундаментальні дисципліни та почалися клінічні. З якоїсь причини мені було цікавіше вивчати мутації в генах, що кодують аквапоріни, ніж резекцію шлунку за Більрот-2. Публікую посилання на кращі, на мій погляд, ресурси для пошуку PhD позиції.

1. academicpositions.com — простий сайт з доволі детальними фільтрами, де є позиції з багатьох університетів ЄС. Власне, там свою позицію і знайшов.
2. linkedin.com — професійна соціальна мережа, де, серед інших робіт, можна знайти багато пропозицій PhD чи research assistant. Проте, переважно з США. Якщо в вас ще немає там акаунту, дуже рекомендую.
3. ec.europa.eu — PhD позиції для дослідників початкового рівня, які фінансуються програмою ЄС "Marie Skłodowska-Curie Actions".
4. daad.de — якщо шукаєте позицію у Німеччині. Є багато англомовних PhD.
5. google.com — звучить банально, проте там ви точно не пропустите жодного інституту. Зверніть увагу: щоб підвісити шанси щось знайти, шукати потрібно з операторами пошуку (погуглить їх). Наприклад: "PhD position" AND "liver" AND ("rare diseases" OR "genetic diseases") із фільтром за часом публікації.
6. ncbi.nlm.nih.gov/pubmed — більш неформальний спосіб, проте багато моїх знайомих дослідників його рекомендували. Якщо ви шукаєте позицію за дуже специфічним напрямом, ви можете написати напряму науковим керівникам, з лабораторії яких була зроблена публікація, й сказати, що хотіли б працювати в їх групі. Зазвичай керівник є останнім у списку авторів.

Хоча цей перелік не є абсолютним, інші ресурси для мене не були результативними. До того ж, має сенс визначити групи, де ви бажали б працювати, та моніторити їх сайти/сайти їх інститутів. Й ще декілька порад:

- Заздалегідь плануйте, як будете презентувати себе, якщо дійдете до інтерв'ю. Якщо ви медик, навіть не сумнівайтесь, що одне з питань може бути: "чому ми повинні взяти вас, а не біолога?";
- Навчитися лабораторним навичкам — ваша відповідальність. Іноді має сенс спочатку заробити грошей та поїздити на стажування, щоб навчитися тому, що не розповсюджене в Україні (NGS, single cell, CRISPR screen, flow cytometry, нові різновиди мікроскопії, тощо). Можете навіть не сумніватися, що майже всі кандидати з ЄС будуть володіти базовими техніками, а деякі вищеперелічені навички можуть надати вам переваг;
- Проте і в Україні ви можете багато чому навчитися (наприклад, можете приєднатися до нас у GenomicsUA та вивчати біоінформатику);
- Подавати лише правдиву інформацію, бо, якщо пройдете, вам з цими людьми ще ~4 роки працювати;
- Напрям проєкту, що вам цікавий > можливості поїхати за принципом "будь-куди".
- Починати шукати рано, планувати, що пошук може зайняти декілька років й не дуже сильно розчаровуватися після відмов. Наприклад, в мене було біля 30 відмов, що, за сучасним розумінням, відносно небагато.

На цьому все. Якщо бажаєте робити кар'єру в науці, бажаю вам успіхів з пошуком позиції!
А свої запитання можете писати мені сюди: @a_petrenko

Щойно з'явився вільний час, вирішив почитати щось із відкладеного. Ділюся посиланням на одну з найцікавіших оглядових робіт, що я читав: "Why nature chose phosphates." (Westheimer FH., Science, 1987). http://bit.ly/32sFlto

Хоча ця стаття опублікована декілька десятків років тому, я отримав багато інформації стосовно питань, що з'явилися в мене за останні декілька років. Наприклад, в чому еволюційна перевага від використання іонізованих метаболітів? Чому РНК-віруси досі існують, хоча РНК менш стабільна за ДНК? Чому наші клітини використовують багато фосфатної кислоти, а не силікатної, хоча останньої більше у природі?

Якщо любите біохімію, отримаєте задоволення від статті. А мені тепер доведеться читати огляд від 2013-го року "Why nature really chose phosphate." (http://bit.ly/2pzHSDr), щоб дізнатися, що змінилося в нашому розумінні за цей проміжок часу.

У мене доволі хаотичний розподіл робочого часу, бо мені здається, що ввечері чи вночі я працюю більш продуктивно. Тому креативні чи складні завдання я намагаюсь залишити на цей час.

Мені зазвичай щастить на керівників. Так, під час стажування у лабораторії з молекулярної генетики, мій ДНК-сенсей сказав: "праймери не працюють до 10:00, тому можеш не приходити раніше".

Наразі проходжу ротацію в лабораторії, де працюють з біологічними мережами/теорією графів. Мені цей принцип ще ніхто не озвучив, але, як я зрозумів, раніше 9 години будь-який написаний код буде містити помилки, тому не має сенсу починати надто рано.

Добре висипайтеся й адекватних вам керівників, а не усе це "сидіти-з-9-до-17" (коли це можливо).

І тримайте ще мем з Грегором Менделем.

Хвилинка (де)мотивації, коли сидиш (буквально) над статтею для журнального клубу на вихідних, а десь там, за вікном, бігають діти, тече Дунай та погода ще не така погана 😈

Кожній лабі по біговій доріжці!