#генетичне.
❓Коли спілкуюсь з пацієнтами чи колегами-лікарями, часто звучить питання: "навіщо тестуватися, якщо все одно нема лікування?". Маю дещо про це сказати.

1️⃣По-перше, для певних генетичних станів лікування існує. Приклади:
- лист препаратів для орфанних захворювань, схвалених FDA USA: http://bit.ly/2SlH3Zn
- перелік захворювань, для яких характерно порушення інтелекту, і для яких існує лікування: http://bit.ly/2XS0CJT (цей систематичний огляд ведуть лікарки з дитячого госпіталю у Ванкувері, Канада)
- перелік клінічних досліджень генної терапії, кожне з яких потенційно може вилитися у дозволене лікування певного генетичного стану: http://bit.ly/2Sk2TMQ

2️⃣По-друге, розрахувати ризики. Часто буває так, що батьки планують наступні вагітності, чи сам пробанд, щодо якого виконується тестування, бажає знати ризики для власних дітей у майбутньому. Якщо дізнатися причину генетичного стану, можна надати консультацію такому пацієнту задля більш зваженого рішення. Зокрема, існують опції запліднення in vitro з подальшим генетичним тестування ембріонів, щоб виключити настання вагітності ембріоном, який є носієм патогенного варіанту. Це може бути важливим, коли прогноз для життя несприятливий.

3️⃣По-третє, пробанду та батькам важливий прогноз щодо працездатності і життя. Не всі генетичні стани мають несприятливий прогноз, тому варто надати достовірну інформацію пацієнтам під час консультування.

❓Буває, що діагностика генетичних станів потребує використання дорогих методів (наприклад, секвенування екзому дитини та батьків). Чи завжди вдається знайти причину?

Ні. Наприклад, ми ще не маємо даних, чи може бути пов'язаний певний генетичний варіант з наявними симптомами. Чи ми знайшли генетичний варіант неясного значення і неможливо дослідити матеріал батьків, щоб порівняти. Тоді є сенс зробити повторний біоінформатичний аналіз отриманих даних через певний час, наприклад, через рік: можуть бути опубліковані нові дані про цей варіант.

Ще може бути так, що варіант не знайдено через технічні обмеження наявних методів. Наприклад, причина генетичного стану є через мутації ділянки геному, який складно секвенувати чи аналізувати (тандемні повтори, тощо). Також можуть бути помилки під час підготовки бібліотек для секвенування і обробці даних.

🧬У будь-якому разі, пацієнти мають право отримати інформацію щодо можливостей тестування, можливих результатів, можливих опцій лікування, а також бути консультованими щодо ймовірностей не знайти причину чи не мати наявного лікування.

Химерний ген —> химерний білок. А що це, взагалі?

Час від часу в клітинах відбуваються хромосомні аберації, наслідком яких є відхилення кількості хромосомної ДНК. Структурні порушення хромосом, у першу чергу транслокації, можуть привезти до формування гібридних генів та білків. В літературі ви знайдете їх під назвою "fusion gene" та "fusion protein" відповідно.

Як це виглядає? Представмо собі звичайну хромосому 9, на якій розташований ген ABL1, і звичайну хромосому 22, на якій розташований BCR.
🧬Chr9, p.34, екзони ABL1:
b1—b2—b3—b...
🧬Chr22, q.11, екзони BCR:
a1—a2—a3—a...
🧬Через транслокацію, яка буде записана як t(9;22)(q34;q11), сформується химерний ген, BCR-ABL1:
b1—b2—b3—a2—a3—a...
Цей ген буде мати варіант b3-a2, відповідно до точки поєднання. Певні варіанти мають кращій чи гірший прогноз для перебігу хвороби.

Продукт BCR є серин/треонін-кіназою, функції якої вивчаються, а продукт ABL1 є тирозин-кіназою, яка має значення, зокрема, для поділу клітини. Білок BCR-ABL1 є тирозин-кіназою, який впливає на сигнальні шляхи, наприклад JAK/STAT, RAS/MAPK/ERK, стимулює проліферативну активність клітини та пригнічує апоптоз, впливає на регуляцію транскрипції, репарацію ДНК, тощо.

У даному прикладі описане формування "філадельфійської хромосоми", яка впливає на розвиток декількох різновидів лейкемій, зокрема хронічної мієлоїдної лейкемії. Її наявність має значення для постановки діагнозу та для тестування пацієнтів з мінімальною резидуальною хворобою (тобто задля пошуку злоякісних клітин, які можуть залишатися після лікування). Також у пацієнтів з лейкемією, в яких наявний BCR-ABL1, є додаткові опції лікування за допомогою інгібіторів тирозинкіназ, зокрема іматинібом, дазатинібом, нілотинібом, тощо.

🖥На сьогодні описано біля прикладів 22000 химерних генів, існують бази з їх описом та клінічними випадками: Mitelman Database of Chromosome Aberrations and Gene Fusions in Cancer та FusionGDB. Роль багатьох з них ще не вивчена достатньо, так що ви можете знайти щось цікаве вивчаючи їх.

Сподобалось? Поділись з колегами! 👨‍⚕️👩‍⚕️
Є питання? Пиши: @a_petrenko 📲
#генетичне

#наукове і #генетичне!
Команда Genomics UA робить семінар у Києві. Вже цієї суботи!

Про scRNA-seq та усе таке інше буде розповідати Віталій Клещевніков, PhD студент з Wellcome Sanger Institute (UK).

Завітайте на цікавий семінар, наша київська команда буде рада познайомитися з вами.

Більше деталей на каналі @genomicsua, чи на фейсбуці: fb.me/events/404077826900191/

Рубрика "я б хотів прочитати цю статтю, коли вчився в університеті".
Пропоную маленький допис "Genetics vs. Genomics Fact Sheet" від National Human Genome Research Institute (США).

Якщо плутаєтеся у термінах чи бажаєте розкрити їх ширше, подивитися, де ці технології можуть застосовуватися, ця публікація вам допоможе. Якщо ні, то все одно подивіться, мабуть, знайдете для себе щось нове.
Посилання: http://bit.ly/2OroPYh
#генетичне