Якщо ви пропустили нашу Генну слуханку з Ганною, ми опублікували запис на ютубі:
https://www.youtube.com/watch?v=9S_Wdppz_y8

Щоб було зручніше слухати, розбили відео на глави. Який кар'єрний шлях в медичній генетиці? Як проходить робочий день? Що з NGS та орфанними пацієнтами? І, нарешті, як сильно ми ❤️ пошук мутацій гену MTHFR у прив'язці до гомоцистеїну?

Для пацієнтів зі спінальною м'язовою атрофією (СМА) в Україні вперше з'явилися ліки: МОЗ пише, що отримали понад 150 флаконів Spinraza.

Що це означає?
Те, що пацієнти зі СМА отримають високоякісне лікування без необхідності чекати на благодійні програми від виробника або їхати за кордон. European Medicines Agency у своєму резюме посилається на дослідження, де 51% та 57% дітей, що отримали спінразу, мали покращення здатності до рухів за 12 та 15 місяців лікування відповідно.

Механізм дії цього препарату потребує його постійного використання. Spinraza інгібує фактор сплайсингу, який у звичайних умовах модифікує продукт гена SMN2 і робить його менш стабільним та ефективним. Таким чином, навіть якщо функція гена SMN1 знижена (це і є причиною СМА), це може частково компенсуватися за допомогою майже ідентичного SMN2, який, завдяки лікуванню, буде виробляти функціональний білок. Тому, на жаль, про повне одужання не йдеться - проте це може позитивно вплинути на якість життя таких дітей.

За схемою виробника, лікування починається з чотирьох доз з інтервалом 14-14-30 діб, а потім додаткове введення необхідне кожні чотири місяці, тобто сім доз за перший рік, і далі по три дози на рік. За отриманою кількістю виглядає так, що 21 пацієнт, який ще не отримував лікування, буде забезпечений на рік.

За різними даними, які я знайшов, в Україні цього року може бути 200-400 людей зі СМА, більшість з яких - діти. Можливо, певні з них є кандидатами на інше лікування (наприклад, Zolgensma) або вже отримують Spinraza з інших джерел. Проте ситуація з ліками проти рідкісних захворювань така, що навіть при хворобах, де вони існують, їх доступність та ціна є проблемою: у цьому випадку, вартість однієї дози є біля $100 000. Тому сподіваюся, що в майбутньому на ринок вийде більше ефективних препаратів для лікування СМА, а поява генериків о 2030-х допоможе знизити ціну.

____
Якщо цікаво, поширте допис серед колег. Раніше я писав про СМА: 1) генетика та 2) лікування.

Раніше я писав про те, що наш інститут, CeMM (Відень, Австрія), має профінансовані позиції для guest scientists з України. Хочемо закрити програму на цей рік, маємо змогу найняти ще декількох людей якнайшвидше. Якщо ви:

1. Маєте змогу дістатися Відня;
2. Маєте гарну англійську;
3. Маєте зацікавленість працювати рік над одним з напрямів інституту (можна подивитися у переліку лаб на сайті; підходить і робота руками в лабораторії, і біоінформатика);

То напишіть мені тут або на opetrenko@cemm.at. Також буду вдячний за репост.
Зарплатня й страхування включені до цієї позиції, також інститут допомагає з житлом на старті.

UPD: вимог щодо вашого наукового ступеня або досвіду нема. Ще навчаєтеся в інституті? Підходить. Маєте PhD та купу публікацій? Також.

Я вже якось писав, що твіттер - це дуже важлива соціальна мережа для наукової кар'єри. Окрім того, це - головний інструмент для комунікації зі світовою спільнотою, яким користуються люди бізнесу, політики, журналісти, вчені.

Кожен може працювати над тим, щоб інформаційно підтримати нашу боротьбу, що, зрештою, виллється у підвищення дипломатичного тиску на московію та більшу кількість зброї Україні. Для цього достатньо лише висвітлювати злочини держави-терориста з посиланнями на джерела інформації.

Якщо в вас нема твіттеру, зареєструйтеся. Підпишіться там на тих, кого ви знаєте або читаєте, особливо закордонних друзів - пошукайте тих, з ким ви вже поєднані в інших соцмережах. Коли робите допис, тегайте людей з цього переліку. Нарешті, поширюйте дописи інших.

Якщо ми ще не підписані там один на одного, то моя сторінка: https://twitter.com/xander_petrenko .

Додаткові поради:
* Використовуйте хештег у географічних назвах або для флешмобів (#Ukraine, #Kherson, #russiaIsATerroristState тощо) - так ваші дописи попадають у відповідний фід;
* Використання реальної фотографії, заповненої сторінки та посилання на джерела підвищують довіру до повідомлень.
* Повідомлення з фактами та посиланнями працюють краще, ніж суто емоційні;
* Перелік релевантних хештегів та тем, які потребують інформаційної підтримки, можна знайти у популярних блогерів, або в Інтернет Військах України (волонтерський рух).
* Додаткові поради від Сергія Стерненка: https://t.me/ssternenko/6979

В Європі багато людей досі не розуміють, чому росіян треба висилати назад до росії. Або чому єдині адекватні шляхи приймання росіян - через притулок або гуманітарний шлях для тих, хто бореться проти рашизму.

Тому я написав тред у твіттері для своїх іноземних знайомих. Прохання поширити, особливо якщо вас читають люди не з України:

https://twitter.com/xander_petrenko/status/1564946044147884033

Сьогодні опублікували пресреліз нашого дослідження, яке ми робили протягом двох років і залучили до нього сім інших європейських центрів.

В цьому дослідженні ми спиралися на гіпотезу, що моделі машинного навчання, які використовують прості лабораторні показники, можуть передбачати тяжкість портальної гіпертензії у пацієнтів з компенсованим цирозом. Це важливо, бо портальна гіпертензія є головним фактором декомпенсації хвороби: таким пацієнтам потрібна буде термінова трансплантація печінки як єдиний шлях врятувати життя. З іншого боку, якщо завчасно ідентифікувати пацієнтів з портальною гіпертензією, їм можна призначати відповідне лікування, змінювати тактику або включати до клінічних досліджень, щоб покращити якість життя та відтермінувати декомпенсацію.

Я поспілкувався з колегами та зробив висновок, що золотий стандарт вимірювання портальної гіпертензії у пацієнтів в Україні є ускладненим, бо вимагає коштовного обладнання та навченої команди. Тож наша краща модель може допомогти ідентифікувати таких пацієнтів лише за допомогою лабораторних даних, для цього ми опублікували її як вебзастосунок у формі калькулятора: https://liver.at/vlsg/HVPG-Calculator/

Само дослідження було прийнято в Journal of Hepatology, це головний журнал за нашим напрямом. Маю честь розділити перше авторство зі своїм колегою в CeMM. Писати манускрипт до такого журналу та робити його велику ревізію в той час, коли в Україні відбувалися найгарячіші бої (лютий-березень, потім червень-липень) - дивний досвід. Проте я сподіваюся, що наше дослідження допоможе й українським лікарям.

В будь-якому випадку, якщо в вас є питання чи пропозиції для колаборації з машинного навчання у клінічному застосуванні - радий поспілкуватися тут, або на oleksandr.petrenko@meduniwien.ac.at

У листопаді вийшла гарна публікація у журналі eLife: https://elifesciences.org/articles/82343
"A conserved function of Human DLC3 and Drosophila Cv-c in testis development"

Я не впевнений, чи є серед підписників хтось з ІМБІГ, але вітаю! Двоє авторів цієї колаборації звідти.

Ще цікаво це через сам журнал. eLife взагалі досить нетиповий: по-перше, журнал зобов'язує мати препринт, щоб прийняти манускрипт у роботу. Це так званий "publish, then review" принцип.

По-друге, там публікується листування авторів та рецензентів. Тим моїм підписникам, хто починає кар'єру в науці, може бути цікаво її подивитися. Тут приклад, коли рецензенти в цілому дали непоганий відгук, і навіть є момент, де автори (успішно) показують, що рецензент не так зрозумів(-ла) пункт в роботі, і тому певний момент критики не є релевантним.

Нарешті, журнал усіляко заохочую публічне обговорення статей (там можна залишати коментарі) та використовувати альтернативні метрики. І це при цьому, що сам він має непогану "традиційну" наукометрію: Impact Factor ~8.7. Цікаво, як триватиме цей експеримент у довготривалій перспективі, але, схоже, це один з варіантів розвитку наукових публікацій у майбутньому.

А щодо українських публікацій: з одного боку, війна знижує базове фінансування, яке доступне для досліджень (це вже не кажучи про руйнування інфраструктури). З другого боку, багато європейських наукових фондів вже частково перерозподілили кошти на підтримку української академії - і це буде лише зростати у наступні роки. Виглядає так, що це правильний час думати про колаборативні проєкти, де можна частково використовувати європейську дослідницьку інфраструктуру (для Next-Generation Sequencing, High-Througput Drug Screening та інших коштовних експериментів). Щобільше, заплановані колаборації є важливим критерієм для отримання грантового фінансування в науці.

Привіт, колеги. Хочу розповісти про одну можливість та закликати вас брати участь.

Цього року, як і раніше, Vienna BioCenter робить літню школу, яка буде йти весь липень та серпень. Ось посилання: лінк. Суть її в тому, щоб приєднатися до лабораторії-учасниці для наукового проєкту. Взяти вони можуть людей, які, на момент школи, ще будуть студентами, й закінчили принаймні 2 роки бакалаврату (3-4 курси, якщо медики) або один рік магістратури - детальні вимоги на сайті. По суті, цей проєкт - це квиток у PhD/наукову кар'єру, бо це важливі скіли + міжнародний досвід + можливість публікації у CV.

Минулого року мені коштувало багатьох зусиль переконати більшість інститутів, які беруть участь у програмі, що брати громадян росії - не ОК. Наскільки знаю, жодного так і не взяли. Але, коли я мав відношення до скринінгу заявок в нашу лабу декілька років тому, я побачив, що дуже мало людей з України подаються на програму. Тож давайте зробимо цього року так, щоб громадяни країни-окупанта й далі сиділи у своєму ГУЛАГу, а якомога більше українців отримали цей досвід.

У нас у Відні гарна академічна атмосфера, програма має стипендію, якщо ви підходите під критерії - причин не подаватися нема. Навіть якщо у вас нема підстав для виїзду за кордон зараз - до початку програми ще майже сім місяців, цілком ймовірно, що регуляції стосовно кордонів будуть змінені. Подавайтеся до кінця січня.

З переліку лаб, які приймають студентів, я особисто знаю наступні:
* Andreas Bergthaler - дуже сильні у вірусології, мають топові публікації з досліджень COVID в Австрії, ми з ними співпрацюємо по вірусних гепатитах. Там точно можна буде ознайомитися з найбільш сучасними молекулярними методами, а можливо й з цікавими тваринними моделями.
* Andreas Villunger - це хардкор-лаба в усьому, що стосується апоптозу та сигнального шляху p53. Молекулярна генетика, CRISPR, клітинні моделі та інше.
* Davide Seruggia - відносно нова лабораторія; вивчають лейкемії, використовують CRISPR, біоінформатику, сучасні молекулярні методи.
Це приклади для мотивації. Інших знаю гірше, але усі там - "великі" імена в австрійській академії.

Побачимося влітку?

Ви могли бачити, що 31-го грудня було пошкоджено декілька корпусів Київського національного університету, зокрема ННЦ "Інститут біології та медицини".

Я не бачив повідомлень про жертви, так що, сподіваюся, це та проблема, яку можна вирішити грошима. Власне, співробітники КНУ займаються прибиранням та просять про фінансову допомогу, щоб захистити приміщення від холоду та опадів:
https://knu.ua/news/12574

Там є реквізити, в тому числі для міжнародних переказів, якщо в вас є змога їх підтримати - буду вдячний. Можна у призначеннях написати, на який саме корпус ваш донат, якщо хочете цільовий.

Альтернативно, адміністрація ННЦ відкрила монобанку для пожертв на відновлення інституту: (лінк), у координації з ними збирає студпарламент (лінк). Це якщо хочете задонатити їм напряму.

Час пройде, наші інститути та інфраструктура будуть відбудовані. На відміну від росії, яка назавжди залишиться жалюгідним болотом.

Якщо ви є у твіттері й у вас у підписниках є іноземні колеги, буду вдячний за розповсюдження: твіт

Сьогодні мені прийшов черговий лист з пропозицією попрацювати безоплатно на for-profit корпорацію бути рецензентом для статті, але в цей раз - з сюрпризом. Який полягав у тому, що запросила мене якась русня, хоча головний редактор з США. Послав у відомому напрямку й дропнув емейла головному редактору, що співпрацювати з журналами, де є громадяни країни-терориста, бажання не маю.

Багато моїх колег з каналу працюють в іноземних інститутах, я б хотів порадити: якщо бачите якусь дичину з русофільством - підіймайте кіпіш (але з аргументами, не емоційний), це реально працює.
Наприклад, є така собі пані Angela Rasmussen з канадського University of Saskatchewan. Одного дня я помітив, що вона запрошує до себе у лабу "хороших руських" (у розумінні певних вестернів це такі, яким усе ок, але після санкцій вони вирішили поставити #нєтвойнє).
Власне, щоб прикрити цю "пацючу стежку" вистачило двох емейлів: перший - її прямому керівництву, другий - до advisory board університету. Серед аргументів, які спрацювали, було:
* Конкретні приклади з західних медіа про терористичні акти росії, в тому числі про те, як в цьому постраждали наші науковці;
* Скриншоти, що люди, яких вона обрала, не те що нічого не зробили, щоб зупинити війну, а навпаки їм було усе ок спочатку;
* Скриншоти, що ця пані жодного разу не виступила публічно з підтримкою українців і не пропонувала нікому з них допомогу, але аж бігає за руснею твіттером, щоб її "врятувати" (+ це йде всупереч з офіційною позицією університету, яка про-українська);
* Теза, що ця пані не може зробити адекватний бекграунд-чек, і нехай спочатку Канада їх перевіряє як біженців, а потім вона вже когось з них рекрутує - бо інакше це якась дивна авторська міграційна програма;
* Теза, що у Саскачевані живе величезна українська діаспора, і якщо в пані Анжели нема розуміння, чому це не ок співпрацювати з руснею, я готовий сприяти тому, щоб організувати їй освітній семінар з історичним контекстом від місцевих фахівців.

Врешті решт, вона злилася, але потім я зрозумів, в чому справа. А вона в тому, що її чоловік - росіянин. Який дуже смішно прибіг потім мені спамити у твітері. Мораль така: з рашизмом треба боротися усюди, а оскільки москальські вчені провалилися як еліта їх спільноти, то їх місце - у шарагах, а не у вільному світі. А українцям, навпаки, допомагайте подаватися на різні програми.

Машинне навчання та освіта в Україні: що робитиму?

Під час моніторингу ворожого академічного простору я побачив нотатку про те, що на росії студент захистив диплом, майже повністю написаний за допомогою ChatGPT. Це інструмент, заснований на машинному навчанні (ML), який може генерувати текст, схожий на людський, на основі наданих вхідних даних. До речі, останнє речення було згенеровано саме ним. Ось тут можна прочитати детальніше: матеріал Speka.

В цілому, діалог про його етичне використання зараз йде в усьому світі, й для української освіти це також актуально через наступні три тези.

1. Інструменти, які допомагають писати тексти, існують вже давно.
У тому числі засновані на ML: Grammarly (🇺🇦), Quillbot, etc. Є бібліотеки з NLP (natural language processing), які дозволяють будувати дуже потужні моделі, якщо приготувати адекватні тренувальні набори даних. В мене був досвід будування моделі з Python scikit-learn для класифікації статей в гепатології та генерації висновку про ключові знахідки. Модулю, який я для цього використовував, вже понад 10 років.

2. Студенти їми користувалися та будуть користуватися.
Так само як, наприклад, перекладачами, або автокоректорами тексту. Проте, виникає питання: чи є це проблемою? Щобільше, я сам використовую ML інструменти під час написання наукових статей і це значно покращує якість формулювань - й, відповідно, те, наскільки легко іншим людям буде читати текст. На мій погляд, це - неминуча побічна дія прогресу.

3. Є інструменти з використанням ML, що з певною ймовірністю розпізнають текст написаний іншою ML.
Кожного разу, коли з'являється дуже популярний ML-інструмент для обробки зображень, генерації тексту й т.п., IT-спільнота створює інструменти, які вчаться на їх стандартних "патернах". Для ChatGPT вже є такі, наприклад, GPTZero.

Тому найбільш ймовірними для навчальних установ я бачу два шляхи:
А) Заборона використання ML для навчальних проєктів, включення розпізнавальних програм до стандартного набору перевірок (поруч з антиплагіатом, наприклад).
Б) "Публічний договір" щодо етичного використання ML для навчальних проєктів, можливо десь регуляція: наприклад, можна для опису методів та допомозі у формулюванні результатів, але для введення та висновків - ні.

Скоріше за все, кожен інститут, країна та науковий журнал будуть обирати свій варіант й буде певний хаос. Варіант Б я бачу гіпотетично більш популярним. Дослідити використання ML у 100% випадках, по-перше, не вдасться, по-друге - розпізнавання може працювати добре на популярні інструменти, тоді як ніхто не заважає зробити свій "приватний". Разом з тим, цей варіант, як на мене, виглядає занадто ліберально для більшості українських установ (взагалі цікаво, чи кожна вчена рада зможе зрозуміти суть проблеми?). Проте, позиція повинна бути і якнайшвидше. Її відсутність веде до непрозорості та ризиків вибіркового відношення до таких робіт.

Питання про те, яке використання є (не)етичним, поки що не є вирішеним.

Альянс інститутів, до якого входить наш, робить незвичайний конкурс есе про "утопічні" дослідницькі інститути.

Будь-хто може взяти участь й прислати есе англійською до 1000 слів про бачення ідеального інституту, а переможці отримують грошову винагороду та можливу публікацію фрагмента есе у Nature. Незвичайно це тому, що у природничих науках, на жаль, такі конкурси не є частими.

Я зазвичай чую багато цікавих думок з цієї теми від українських студентів та дослідників, тож, як каже наш науковий директор, нема виправдання не брати в конкурсі участі. Подати роботи можна ось тут до 9 березня. ‎

Останні декілька років я беру участь у проєкті "Медичний ментор", де ми зі студентами оговорюємо різні кар'єрні та наукові питання. Нещодавно мені довелося поспілкуватися з Дмитром, лікарем-неонатологом, який робить інтерв'ю з учасниками проєкту.

Якщо вам раптом цікаво, які є проблеми у медичній освіті, як лікарі потрапляють в академічні дослідження, як секвенування впливає на наше життя, та які є нюанси наукової кар'єри за кордоном - то вам ось сюди:
https://youtu.be/3V-GbHQZc64

Попри велику підтримку України від колег, іноді мене вражають ідіотські рішення у віденських інститутах.

Лабораторія Daniel Gerlich вирішила, що це чудова ідея - найняти громадянина країни-терориста, дмітрія, який ще минулого року розважався у МГУ і ніколи не заявляв публічно про свою позицію щодо війни. Напевно вирішив, що через відсутність айфонів та мобілізацію краще поїхати до Австрії. Не побачив в цьому нічого поганого і IMBA, який уклав з ним контракт на PhD позицію.

За наступні чотири роки цей громадянин країни-терориста отримає з європейських податків принаймні €72k зарплатні й зможе розповідати, що не все так однозначно, і що бідні руські - це жертви.

Я думаю, їм суто плювати, що українські інститути зазнають руйнувань, й що росіяни вбивають українських вчених. Тож, якщо ви раптом хочете висловити своє незадоволення цим, то:

1) прошу підтримати мій відкритий твіт;
2) IMBA_Vienna та Gerlich_Lab - сторінки інституту та лаби, напишіть затегавши їх, чому це ідіотське рішення й як воно впливає на вас.

Ок, менеджменту IMBA та Даніелю по-барабану, зате вони вирішили нацькувати своїх "ручних руських" мені у твіти. До речі, ви знали, що, виявляється, наше небажання, щоб руські отримували позиції замість українських вчених, чиї інститути розбомблені - це "путінська пропаганда, лише навпаки"?

Тоді поїхали ще в інших мережах, буду вдячний за розповсюдження там:

📍 Лінк на допис у Facebook
📍 Лінк на допис у LinkedIn

Це найбільш малохольна відповідь з усіх можливих на повідомлення українця про те, що "агов, чуваки, у вас русня рускіє внє політікі завелися, може щось треба робити з вашими івентами?". Для пояснення: це організація PhD студентів, яка організує нетворкінг-події.

Я впевнений, що у своєму лицемірстві такі люди полякам та євреям о 1942-му також би казали, що вони - занадто расисти, а "фріц" - це взагалі расовий слюр щодо невинних мирних жителів третього райху, ай-яй-яй.

Але ось таких колег у європейській академії ми маємо, і маємо багато. Хто працює за кордоном: а у вас як? Треба пояснювати комусь з колег, що підтримка росіян внє політікі (або тих, які не розуміють відповідальності) - не ок?

"Хорошіе рускіє" штурмують наукові інституції Німеччини

Моя колега знайшла цікаву відповідь професора з Німеччини про те, що професор не хоче брати PhD-студента з країни-терориста. Відповідь чудова, з аргументацією, що Європарламент так вирішив - й з цього виходить відмова.

Вочевидь, це підняло справжній щітшторм в руських. Бо як так, щоб до громадян країни-терориста ставилися так, як вони на те заслуговують?

Цікаво, що їх лицемірність дозволяє поставити емодзі українського прапора у нікнейми, але при цьому вони взагалі не відчувають своєї відповідальності й думають, що досить, їх внесок зроблений.

Тому працюємо з EU академією далі. Кожному PhD студенту країни-терориста - путівка у Тамбов, а не у нормальний світ.