Три публікації з генетики та геноміки за червень 2019:

🖥 NCALD Antisense Oligonucleotide Therapy in Addition to Nusinersen further Ameliorates Spinal Muscular Atrophy in Mice L. Torres-Benito et al.
Журнал: The American Journal of Human Genetics
https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2019.05.008
Дослідники знайшли, що мутації гену SMN1, які асоційовані зі спінальною м'язовою атрофією (СМА), іноді не викликають симптомів хвороби. В таких випадках також знижена експресія нейрокальцину-дельта, білку, що розташований на мембрані нейронів та зв'язується з іонами кальцію. Вчені дослідили, як використання антісенс-олігонуклеотидів до генів SMN1 та NCALD впливає на розвиток СМА у мишачої моделі.

🖥 Advances in the Gene Therapy of Monogenic Blood Cell Diseases J. A. Bueren et al.
Журнал: Clinical Genetics
https://doi.org/10.1111/cge.13593
В цій оглядовій статті автори описують, які досягнення на сьогодні є в лікуванні моногенних хвороб системи крові за допомогою генної терапії, зокрема з використанням аутологічних гематопоетичних стовбурових клітин, трансдукованими самоактивуючимися лентівірусними та ретровірусними векторами. Розглядаються методи лікування при гемоглобінопатіях, ензимопатіях, синдромі недостатності кісткового мозку.

🖥 Application of CRISPR/Cas9 gene editing technique in the study of cancer treatment C. Jiang et al.
Журнал: Clinical Genetics
https://doi.org/10.1111/cge.13589
CRISPR/Cas9 широко використовується при дослідженнях біології злоякісних клітин. Цей огляд присвячений використанню CRISPR/Cas9 в вивченні окремих аспектів, зокрема онкогенів, генів-супресорів, мікроРНК та ін.

💾 Якщо в вашому інституті немає доступу до цих публікацій чи ви не можете отримати доступ з інших обставин, напишіть автору каналу: @a_petrenko

👩‍🔬👨‍🔬 Не забудьте поділитися з колегами!

Пошукові тренди в Україні: наукові публікації VS НЛО. Прибульці з Альфа Центавра поки що перемагають.

P.S: а що там за спайк з НЛО такий в середині листопада? 🤔

P.P.S: хоча я не рекомендую посилатися на це як на серйозне джерело, формула десь така:
(запроси про поклоніння інопланетянам + запроси щоб подивитися, про що пишуть фріки) > (всі запроси, які Гугл визначив як зацікавленість науковими публікаціями).

Ми використовуємо CRISPR в багатьох дослідженнях, він був застосований для редагування геному людських ембріонів та має майже безмежний терапевтичний потенціал. Чи можете ви згадати, що CRISPR став широко відомим науковій спільноті лише ~4 роки тому?
Подивімось, як це було у 2015 році.

TEDGlobal. Jennifer Doudna - How CRISPR lets us edit our DNA http://bit.ly/2RO72bz

Коли наступного разу ви побачите мем з котиками в стрічці фейсбуку, пам'ятайте, що концепцію мему вперше запропонував Річард Докінз. І це не те, що ви подумали.

Мем є одиницею передачі культурної інформації чи одиницею імітації за Докінзом. Пізніше він охарактеризував інтернет-меми як наслідок природного добіру, проводячи аналогію з випадковою мутацією, що вплинула на його початкову ідею.

Якщо ви з якоїсь причини ще не знайомі з книгою Докінза "The Selfish Gene", де був описаний мем, рекомендую це виправити.

Вчора, в нотатці про CRISPR, я написав про редагування генів ембріонів. Це дуже складна тема і з етичних, і з медичних моментів.

Але цікаво, як читачі цього каналу ставляться до того, щоб держави законодавчо дозволили редагувати гени ембріонів і вибір показань до процедури був на розсуд лікаря?

👍 — якщо в цілому ви за
👎 — якщо в цілому ви проти
👆 — якщо не впевнені чи підтримуєте лише в обмежених випадках

Деякі факти про муковісцидоз (МВ):
📌 генетична хвороба, виникає коли обидві копії гену CFTR представлені патогенними варіантами;
📌 хворіють біля 70000 людей у світі;
📌 симптоми виникають тому, що білок CFTR втрачає можливість ефективно пропускати іони хлору;
📌 вражається багато органів, зміна складу слизи спричиняє розвиток хронічних персистуючих інфекцій, що є ведучою причиною смерті;
📌 людям з МВ рекомендується обмежити контакти один з одним, аби зменшити ризик перехресної контамінації.
Але чи знаєте ви, що люди з МВ ризикують також, коли відвідують заходи, пов'язані з МВ?

Організація Cystic Fibrosis Worldwide розробила гігієнічні рекомендації для людей з МВ, щоб знизити ризики інфікування.
Читати:
🇺🇦 Українською http://bit.ly/2Lv3Ro8
🇬🇧 In English: http://bit.ly/2KWl7mD

👩‍🔬👨‍🔬 Не забудь поділитися з колегами та знайомими!

🖥 Long-Read Sequencing Emerging in Medical Genetics T. Mantere, S. Kersten and A. Hoischen
Журнал: Frontiers in Genetics
https://doi.org/10.3389/fgene.2019.00426

Цьогорічна оглядова стаття про використання секвенування з довгими рідами в медичній генетиці. Деякі повтори та складні елементи геному важко проаналізувати, використовуючи методи з короткими рідами. Автори приводять, в яких ситуаціях технології з довгими рідами (в середньому >10кб) мають перевагу.

Я люблю лонгріди й скоро підготую один для каналу.
Про що б ви хотіли прочитати найбільш?

💊 — клінічний випадок
🧬 — про споживчу геноміку (consumer genomics)
🔬 — про дуже рідкісну хворобу
🦠 — про древні віруси, що інтегрувалися в наш геном

P.S: через баг деякі опції реверснулися та йдуть в негативну сторону, буває :)

Знайшов цікавий подкаст. Інтерв'ю з людиною, яка займається адвокацією для пацієнтів з рідкісними хворобами, має випадок хвороби Гантінгтона у родині та сам є носієм патогенного варіанту.

Прослухати можна тут:
https://www.google.com/podcasts?feed=aHR0cDovL3d3dy5kbmFwb2RjYXN0LmNvbS9lcGlzb2Rlcy9yc3MueG1s&episode=NGZmYjQ1ZjZlNGIwNjIwY2FmOTBkOGI2OjU3ODQ2MTBmM2Y0MDU4MTQyMmVhYmM5Mzo1YzljMWE1NWViMzkzMTMwOWEwZmFhY2Q

В моєму опитуванні у квітні 2018-го лише близько однієї п'ятої з невеликої вибірки були проти редагування генів ембріонів. А в опитуванні на каналі проти на цей момент не проголосував взагалі ніхто, розділилися лише за принципом чи в цілому дозволити, або використовувати в дуже обмежених випадках.

Хотілося б зробити висновок, що наша спільнота, взагалі, прогресивна в питаннях нових технологій та генної інженерії, але моя вибірка не є репрезентативною. Скоріш за все, ви просто полюбляєте генетику і слідкуєте за новинами 🐶🐱

До речі, я робив невеличку публікацію в одеському журналі з приводу народження перших дітей, генетично модифікованих за допомогою CRISPR. Даю лінк. Якщо цікаво, в майбутньому опублікую мій погляд на "за" та "проти" редагування генів людських ембріонів.

Стаття "В Китае родились первые генетически модифицированные дети. И это вызывает вопросы" для журналу "Про|странство": http://bit.ly/2YvIWF3

У науково-популярних лекціях про рідкісні хвороби я часто посилаюся на це дослідження. Воно про мітохондріальні хвороби, але надає інформацію, як складно взагалі пацієнтам з рідкісними хворобами буває отримати правильний діагноз.

Які симптоми мали найчастіше пацієнти з підозрою на таки хвороби? Хто зміг встановити вірний діагноз? Скільки всього лікарів їм прийшлося пройти до правильної діагностики?

Про це читайте в статті "Діагностична одіссея пацієнтів з мітохондріальними захворюваннями. Що з діагностикою, хто ставить діагноз і деякі цифри"

🇺🇦 http://bit.ly/2LBA516
🇬🇧 http://bit.ly/2RV7GnL

👩‍🔬👨‍🔬 Поділись з колегами!

Генетичні вихідні 🔬🧬
Щоб вихідні пройшли з користю, пропоную підбірку тематичних матеріалів з генетики.

1. 🖥 Careers in Genetics: Genetic Counseling - https://www.youtube.com/watch?v=QZgbhDKGCGk
Чи знали ви, що в певних країнах є окремі ступені: клінічний генетик та генетичний консультант? Ми обов'язково поспілкуємося про це на каналі в майбутньому, а поки що пропоную подивитися лекцію про генетичних консультантів: хто це, які функції такого фахівця та як отримати цю ступінь в країнах, де вона наявна.

2. 🎙 Bibaswan Ghoshal on the Human Microbiome http://bit.ly/2XrgMyM
Це подкаст з біоінформатиком з Торонто про мікробіом людини: чому це важливо, які техніки використовуються для його вивчення, які проєкти та дослідження найбільш цікаві в вивченні мікробіому.

3. 📋 Ilio Vitale et al. Macrophages and Metabolism in the Tumor Microenvironment
https://doi.org/10.1016/j.cmet.2019.06.001
Важливу роль задля пухлинної прогресії грають пухлино-асоційовані макрофаги (ПАМ), які є складовою мікрооточення пухлин. Але ПАМ також можуть бути ключем до протипухлинної терапії. В цій оглядовій публікації наводяться данні про біологію ПАМ та пояснення, чому вони можуть бути важливою ціллю протипухлинної терапії.
Якщо немає доступу до цієї публікації, спитайте про pdf-ку у автора каналу.

👩‍🔬👨‍🔬 Поділись з колегами!

У лабораторію в Німеччині терміново шукають PhD студента. Напрям досліджень: вторинні месенджери ціанобактерій.

Деталі у pdf-файлі. Вакансію буде закрито у найближчий час, тож, подавайтесь, або поділиться з колегами, яким це може бути цікаво.

🧬🔬 Сьогодні на біологічному факультеті ОНУ ім. Мечникова розпочнеться літня школа "Perspectives in Biomedicine with a Focus on Cancer Immunotherapy", яка проводиться за підтримки організації German Academic Exchange Service (DAAD). Сайт школи: http://daadschool.onu.edu.ua/

Реєстрація на місці розпочнеться о 14 годині, я не пройшов попередню реєстрацію, тому буду вільним слухачем :)
Хто ще буде — пишіть, зустрінемося.

Спінальна м'язова атрофія (СМА) — це рідкісне захворювання, що успадковується за аутосомно-рецесивним типом. Пов'язано з порушенням функції гену SMN1.

Генетика цього захворювання незвичайна та пов'язана з функціями двох генів, втрата яких є летальною. Гени SMN1 та SMN2 ідентичні на 99,9 відсотків: функціональною різницею є заміна одного нуклеотиду в сьомому екзомі. В гені SMN1 присутній нуклеотид C, а в SMN2 — нуклеотид T. Це важливо для сплайсингу і призводить до того, що мРНК, експресовані з гену SMN2, не містять в собі інформації з сьомого екзону. Білок з такої мРНК буде менш стабільним і його активність буде знижена. Тому генетичні варіанти, яки призводять до значного зниження чи втрати функції SMN1, будуть призводити до виникнення СМА, попри те, що з гену SMN2 буде експресуватися невелика кількість білку.

Цей білок називається SMN (survival of motor neurons). Він присутній у багатьох клітинах і особливо важливий для функціонування і виживання мотонейронів, зокрема від здатен пов'язуватися з невеликими ядерними рибонуклеопротеїнами (snRNPs) та забезпечувати їх збірку. Саме недостатком цього характеризуються особливості хвороби: загибель мотонейронів та пов'язана з цим атрофія м'язів. Виділяють різні типи СМА, які відрізняються за прогнозом, віком початку симптомів, ураженням груп м'язів. Прочитати про типи можна детальніше на сайті National Organization for Rare Disorders (США).

В наступних публікаціях розберемо сучасні дослідження щодо лікування.

Зображення з публікації "Therapeutic strategies for spinal muscular atrophy: SMN and beyond". Пояснення: FL — full lenght, білок з повною послідовністю; SMNΔ7 — білок без інформації з сьомого екзому.

#генетичні_хвороби

Заява на фінансування наукового проєкту.

Коли ти PhD студент: "мій проєкт унікальний тому, що... цю методику ще ніхто не застосовував... раніше ми розробили новий підхід..."

Коли ти Нобелівський лауреат Отто Варбург: "мені потрібно 10 000 марок"
(судячи з публікації в Nature, фінансування було надано).

В одній з лабораторій інституту, де я буду працювати з серпня, відкрита позиція в магістратурі. Дуже рекомендую подаватися.

Тема: Biomedical Informatics and Precision Medicine
Де: Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences, Vienna
Дедлайн: 31-го серпня.
Зверніть увагу: для аплікації треба надати декілька рекомендацій, враховуйте це і не чекайте останнього дня, щоб встигнути.
Деталі: https://cemm.jobbase.io/job/gaw4on1f

❔Варіант, поліморфізм, мутація?

Напевно, ви зустрічали в літературі інформацію щодо цих термінів. Де мутацією називалася стійка заміна у послідовності нуклеотидів, а поліморфізмом — варіант гену, який зустрічається в популяції з частотою понад 1% та зазвичай не призводить до захворювань.

American College of Medical Genetics and Genomics, разом з Association for Molecular Pathology опублікували у 2015 році стандарти та рекомендації з інтерпретації варіантів, отриманих після секвенування.

При аналізі отриманих після секвенування данних пропонується замінити ці терміни на термін "варіант". Варіанти бувають наступні:
1️⃣ Патогенний;
2️⃣ Ймовірно патогенний;
3️⃣ Неясного значення;
4️⃣ Ймовірно доброякісний;
5️⃣ Доброякісний;

Тобто, коли ви працюєте з людиною з мутацією F508del у гені CFTR (найчастіша мутація, що призводить до муковісцидозу, коли вражаються обидві копії гену), це значить, що у пацієнта є патогенний варіант гену CFTR. Щоб дізнатися це, потрібно скористуватися базою даних, наприклад, ClinVar: http://bit.ly/2JvOKZ3 (посилання на інформацію про F508del).

Рекомендую проглянути цю публікацію, де вказані критерії різних варіантів та наведені приклади:
http://bit.ly/2Xx9ERr

👩‍🔬👨‍🔬 Не забудьте поділитися з колегами!

На DAAD-школі з імунотерапії в Одесі наразі йде лекція про кар'єрні шляхи після отримання ступеню в life sciences. Побачив там цікаве зображення. Не є абсолютним переліком, але вам може бути цікаво.

Джерело: University Affairs, "Academe and industry are not your only career choices as a life sciences scholar"