Колега-вчений, Сергій Науменко, приєднався до української спільноти Геноміки близько року потому. Сам він з тих вчених українського походження, які досягли високих результатів та міжнародного визнання: він працював в дослідницьких групах та "bioinformatics core" медичних центрів Канади на США, в тому числі Harvard Medical School, має гарні публікації, а також досвід роботи у фармі.

А головне, що за минулий рік розробив посібник з біоінформатики українською мовою - на мій погляд, один з кращих на сьогодні. Видання буде цікавим не лише для тих, хто бачить свою кар'єру у обчислювальній біології, а й тим, хто хоче зрозуміти, чим живе біоінформатика, які кар'єрні шляхи є в академії та індустрії загалом, чим біоінформатика є корисною для біомедичних досліджень та, нарешті, для тактики лікування пацієнтів, яким показано секвенування.

Сам посібник у відкритому доступі, а наступної суботи, 15 липня, Сергій презентуватиме його та відповідатиме на запитання. Якщо цікаво, заходьте до нас: https://t.me/GenomicsUA/175

P.S. а ще, спойлер, я там зроблю анонс практичного курсу, який дозволить опанувати навички з одного дуже популярного в дослідженнях та індустрії напрямку біоінформатики. Починатимемо вже у липні, паралельно зберемо трохи донатів для ПЖ.

Якщо ви колись цікавилися, які гени залучені у розвиток фіброзу печінки, а потім у його регресію - нещодавно став доступний мій препринт про це: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.07.22.550133v1.full

В цьому проєкті, який тривав два роки, ми з колегами спочатку досягли розвинутого фіброзу печінки у двох різних мишачих моделях, а потім його регресії. На кожному з етапів забирали матеріал печінки для РНК-секвенування, сироватку для біохімічних тестів, а також проводили вимірювання тиску в портальній вені (клінічний сценарій: портальна гіпертензія у пацієнтів з фіброзом) та стадіювали фіброз за гістологією. Це дозволило мені як виявити специфічні гени для кожного з етапів хвороби, так і зв'язати їх з динамікою вищеперелічених біологічних показників.
(якщо мене читають колеги-біоінформатики, то я також там привожу шлях пошуку маркерів за допомогою WGCNA+TMLE та новий метод пріоритизації через біологічні мережі).

Ми з колегами очікуємо, що ці маркери є, по-перше, потенційними терапевтичними цілями (інгібувати при фіброзі/стимулювати для регресії), а по-друге - потенційними біомаркерами (гени, пов'язані з портальним тиском та стадією фіброзу). Частина цілей, ідентифікованих в нашому експерименті, вже активно досліджується, наприклад, PPAR-агоністи - у фазі 2b клін. досліджень, а над іншими ми працюємо для нашої наступної статті. Що ж до біомаркерів, їх частину ми також валідували на даних пацієнтів і представляємо це у препринті. Наразі стаття на огляді в Nature Communications, подивимося, що будемо доопрацьовувати після рецензування.

Якщо цікава ця тема, запрошую до прочитання, а якщо раптом користуєтеся твітером - можете ретвітнути зі сторінки bioRxiv, щоб побачило більше колег: https://twitter.com/biorxiv_sysbio/status/1684022017299828737

Ми з Геномікою розробили курс з аналізу даних секвенування РНК. Будемо проводити його у вересні-жовтні та паралельно збирати донати для "Повернись живим". Деталі ось тут: https://t.me/GenomicsUA/178.
Як я бачу, він буде найбільш корисним для студентів-початківців, особливо не-біоінформатикам. З іншої сторони, ми оглядатимемо сучасні гарні практики, тож структурувати знання буде корисним на будь-якому рівні.

Я планував це як авторський мікрокурс, але колеги зустріли ідею з ентузіазмом, тож тепер це наш повноцінний практичний захід з усім необхідним для подальшої самостійної роботи. Думаю, вийде класно і ми надалі будемо робити його також для студентів-іноземців, але вже за фіксований прайс 💻🧬

Якщо знаєте спільноти студентів або колег, де люди могли б бути зацікавленими - буду вдячний за поширення.

Ми з вами вже тут обговорювали, що є багато ватних росіян, які як таргани зараз лізуть в наукові установи інших країн. Країн, куди можна замовити наукові реагенти, де зарплатня не 80 000 рублів (~0.17 доларів), і де є варіант вмерти від старості, а не лише від алкогольного цирозу.

Такий випадок стався на Окінаві, де типовий руський хотів працювати постдоком. І навіть місцевий професор був не проти взяти, бо а що такого, наука внє політікі 政治を越えて і усе таке.

На щастя, в Okinava Institute of Science and Technology (OIST) працюють українки. Які, ризикуючи своєю кар'єрою, спочатку спробували переконати професора, а згодом ця дискусія вийшла на рівень менеджменту. За ітогом росіянець поїде хіба що у стойло Тамбов, а професори OIST тепер розроблять політику щодо таких персонажів у майбутньому.

Цю базу, фундамент і усе таке можна почитати тут на каналах Труха ⚡️Окінава та Клуб нестабільності.
How it started: https://t.me/chkech/42372
How it's going: https://t.me/okinawatruha/2046

"Нейтральні" професори до першого зруйнованого ракетою інституту в їх країні.

Нещодавно Голос Америки опублікував важливе інтерв'ю з Тарасом Олексиком, професором Оклендського університету українського походження, про майбутнє геномних технологій та біоінформатики в Україні. Окрім іншого, інтерв'ю стосувалося наших перспектив та освіти.

Це надихнуло мене написати розгорнутий коментар про те, чому нам в Україні потрібен фокус (ще вчора) на геномних технологіях загалом, які зміни можуть допомогти нам вже зараз, а на чому варто було б сфокусуватися під час післявоєнної відбудови. Ну і про освіту, бо як без неї.

Прочитати довгочит можна на сайті Друкарні.

Якщо ви шукаєте PhD позицію, то ділюся: щойно відкрився щорічний набір на нашу програму в CeMM (Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences, Відень, Австрія). Ця можливість цікава ще й тим, що усі проєкти мультидисциплінарні, тому на нашу PhD за напрямом молекулярної медицини можуть подаватися люди з медичною освітою, біологи, хіміки, математики, біоінформатики та інші.

Окрім того, що тут працюють групи, які публікуються в Cell-Nature-Science, наші PhD студенти зможуть працювати з майже будь-якою сучасною методологією, бо ми знаходимося в одному з кращих кампусів в Австрії. Спільнота в кампусі інклюзивна та дружня, а ще тут працює багато українців і є принципова позиція інституту щодо рекрутингу з країн-спонсорів тероризму.

Заявки кандидатів подаються не в певну лабу, а в загальний пул, а після відбору у кандидатів буде можливість поспілкуватися з різними PI та знайти собі лабораторію з найбільшим збігом інтересів. Я поки що не знаю про інші лаби, але в нас (Prof. Reiberger) є бажання найняти на наступний рік кандидата з сильною зацікавленістю в дослідженні хвороб печінки, знаннями в біоінформатиці (RNA-seq, протеоміка, single-cell, spatial transcriptomics - щось з цього) та/або клітинних + in vivo дослідженнях. Тож якщо це ви, подавайтеся на програму. На старті є гарна інтенсивна підготовка нових PhD студентів, тож тому, чого не знаєте, можна буде довчитися.

Податися можна за лінком, приймаються заявки до 23-го січня, а запланований початок PhD програми у вересні 2024-го.

Серед нас тут багато тих, кому небайдуже майбутнє біоінформатики та обчислювальної біології в Україні. Це майбутнє пов'язане з освітніми програмами. І, буду відвертим, я б не обрав жодну з тих, яка наразі існує в країні, для свого навчання.

Нещодавно колеги з кафедри біохімії Прикарпатського національного університету почали громадське обговорення нової магістратури з біоінформатики, яку вони планують запустити. Враховуючи, що колеги вони адекватні, я бачу це як можливість нарешті мати в Україні магістратуру з біоінформатики, яка була б "made right". Тож прошу вас подивитися на план і надати їм зворотний зв'язок (форма у цьому дописі або на сайті ПНУ), особливо якщо ви - студент або так чи інакше пов'язані з біоінформатикою.

Зі своєї сторони, я публікую відкритий лист з текстом, який надіслав їм як рекомендації. Тож напишіть їм своє бачення, а якщо буде бажання - то і мені; було б цікаво знати для майбутніх освітніх проєктів разом з командою Геноміки, чого вам особисто не вистачає.
https://mutation.me/bioinformatics-msc-ua

У квітні відбудеться захід Data Science School від Київського академічного університету. Там в мене буде дві невеличкі доповіді за темами останніх статей: одна щодо застосування машинного навчання на біомедичних даних пацієнтів, інша - стосовно використання на великих біологічних даних.

Що в першому, що в другому випадку, це - щось, що можна успішно використати в Україні або на опублікованих експериментальних даних, або завдяки спроможностям ведучих медичних центрів рекрутувати великі когорти пацієнтів у дослідження.

На заході буде багато цікавих тем. Тож, якщо вам цікаве машинне навчання, запрошую вас реєструватися; зробити це та почитати програму можна до 23:59 10-го квітня за посиланням: КАУ

Нещодавно я разом з колегами надав коментар для Cell Systems щодо того, як війна впливає на українську науку та вчених. Був майже впевнений, що редагування не переживе моє послання про "ну досить наймати росіян без жодних перевірок на роботу з чутливими технологіями!". Проте, завдяки редакторам випуску, це тепер побачать адресати.

Валерій Покритюк, єдиний з переліку співавторів в Силах безпеки й оборони України, прямо пише: потрібна зброя, зброя, і ще зброя. Це - думка, яка є дуже некомфортною для багатьох в західній академії. Бо ті, про кого йдеться, за нейтралітет та усе хороше, і взагалі, "люди маленькі". Але, сподіваюся, читачі Cell Systems задумаються над цим і зроблять необхідні висновки - від особистого внеску, до голосування за політиків, які не бояться бути проукраїнськими.

Багато там написано і про те, які наслідки має війна на дослідження. Віталіна Башинська у своєму коментарі поділилася тим, що, через вторгнення, її команді довелося припинити працювати над двома великими грантовими проєктами. Не мені вам пояснювати, наскільки непростою та важливою задачею є саме їх отримання в Україні. Олексій Болдирев поділився, що фокус досліджень змістився зі звичного для їх команди дослідження молекулярної патології хронічних хвороб на вивчення наслідків стресу.

Це та решту коментарів можна детальніше почитати у відкритому доступі: https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(24)00091-7#%20

Але що важливіше - поділитися цим з вашими західними колегами в LinkedIn, Twitter та на інших платформах, на яких вас читають. Бо, перш за все, це - заклик до дії.

Я запостив коротку гілку в Threads для не-науковців, а потім подумав, що комусь з вас це також може бути цікавим. Тож, копіюю: декілька речей про біомедичні дослідження, які можуть бути цікавими не-науковцям.


1. Наука цікавіша, ніж це здається в школі. В нашій сфері це можливість вперше описати якусь хворобу, знайти біомаркери, нові препарати та молекулярні цілі для них тощо.

2. Не усі науковці працюють в інститутах. Кар'єрні можливості можна розділити приблизно так: а) академія, б) індустрія, в) інше.

а) Університети, інститути. Тут вчені працюють в лабораторіях, іноді разом з викладанням. Працюють над питаннями будь-якого ступеня практичності: від "а як крутиться цей білок в 3д-просторі?" до "ось рідкісна хвороба, давайте знайдемо як її лікувати". Ефективність вимірюється в залучених грантах, високоякісних статтях та, іноді, комерціалізації розробок.

б) Бігфарма, смолфарма, біотех, стартапи. Можуть або працювати за напрямом продукту компанії (наприклад, доклінічні дослідження, розробка нових сполук), або в R&D, яке схоже на роботу в академії, але за фокусом компанії. Ефективність на рівні індивідуального/командного перформансу. Статті добре, але вже не так важливо. В менеджменті часто також працюють вчені після додаткової освіти.

в) громадські організації, уряд, консалтінг тощо. Тут в мене інсайдів майже нема, але більш досвідчені колеги, які пізнали дзен, кажуть, що класний напрям - а в консалтингу ще і компенсації приємні.

3) Щодо компенсації - залежить від країни. В академії в ЄС комфортно майже в будь-якій країні, в США - залежить від гранту, бо може варіюватися між ~$45k та ~$90k+ на кар'єрному рівні після PhD. Але ці гроші в Цинциннаті та в Бостоні відчуваються зовсім по-різному. В індустрії і в Україні нерідко достойні компенсації.

4) Не всі люди тут працюють за фахом. Разом зі мною працює математик, який вивчає лейкемії, а раніше з нами був інженер, який розробляв роботизовані системи для хімічних лабораторій. Знайомий хімік зараз працює з культурами клітин. Майже будь-чому можна навчитися на етапі PhD, тож має сенс займатися тим, що подобається. (ред. - я взагалі лікар за освітою, тому коли колеги обговорюють якісь конформації хроматину в спеціально-згенерованих клітинах, мій вираз обличчя буквально: WTF? Але це нормально, в науці важливо навчитися казати "я цього не знаю").

5) В країнах, які розвиваються, вчений - це часто не про фах, а чи не почесний титул. При цьому, не зважаючи високі титули, об'єктивні метрики в таких людей можуть бути близькими до нуля. В Україні ми це ще не побороли.

6) До речі, про метрики. Як визначитися, кому в академії дати грант, а кому ні? Серед іншого, впливає кількість статей в кращих світових журналах та те, наскільки вчених цитують в статтях інші вчені. Власне, тому якщо робота не опублікована англійською мовою - то її майже не існує, за ду-у-уже рідкісним виключенням (наприклад, аж один хімічний журнал). Метрики не ідеальні, бо їх намагаються хакати, але це краще, що є.

7) Для українського випускника типовий шлях виглядає так: бакалавр - магістратура - PhD - постдок - далі як пощастить, аж до професорської позиції. Або бакалавр - магістратура - (опціонально PhD) - індустрія. При цьому життєво необхідно змінити багато країн під час навчання/роботи, вчений, який усе життя провів в одному місці, апріорі має "слабке" CV для будь-якого роботодавця.

8) Наука не внєполітікі, бо, глобально, національні та надурядові бюджети - джерелою номер один в академії. Але деякі вчені думають, що вони поза політикою. Наївні, завжди дуже весело питати, а звідки, вони думають, формується їх зарплатня.

9) Кар'єру цю обирати варто, бо вчені будуть потрібні завжди. Але не варто зациклюватися лише на академії. Життя чудове та повне можливостей і за межами лабораторії в інституті.

Якщо вам цікава обчислювальна біологія - запрошую подаватися на школу, яка відбудеться в Румунії 1-12 липня. Для підтримки учасників є стипендії, а зарахованим на школу учасникам також забезпечать проживання та базові потреби, буде здорово бачити більше учасників з України.

Я викладатиму там транскриптоміку поодиноких клітин, буде лекція та воркшоп. Але в цілому програма виглядає дуже насиченою, мені буде цікаво послухати колег, які займаються геномікою.

Нагадую, що МОН розробило постанову для студентів денної форми навчання щодо перетину кордону: лінк. Якщо вас зарахують на школу і потрібне буде документальне підтвердження мети для короткострокового виїзду - напишіть мені (якщо, звичайно, організатори і так усе не передбачили для українських студентів). А в цілому, пропоную після школи разом зробити серію заходів на платформі Геноміки ЮА, щоб поділитися досвідом і з іншими колегами в Україні.

---
Крайдата реєстрації: 15 травня
Деталі: https://www.eebgschool.org/home