Вертаюсь на коротку відпустку в Україну і цієї п'ятниці буду організовувати зустріч Трансляційні дослідження: scientia vincere morbum від організації "Genomics UA". Обговоримо на прикладах те, як трансляційні дослідження змінюють клінічну медицину і чому це дуже цікаво. Деталі за посиланням.

P.S: а якщо з кимось давно не бачились і є бажання зустрітися в Одесі, пишіть :)

На своїй лекції минулої п'ятниці я розповідав, які кар'єрні можливості є у світі для тих, хто займається трансляційними дослідженнями. А зараз поширюю можливість в Україні від друзів з BioLabTech.

З людьми з компанії BioLabTech в мене особисто склалися дружні стосунки, спочатку я відвідував їх освітні заходи в Україні (наприклад, Kyiv Non-Coding Meeting 2018), а потім вони єдині допомогли одеському біоінформатичному клубу, надавши тревел-гранти для відвідування 4th RoBIoInfo Seminar у лютому 2019-го, де ми з командою показали, що в Україні є інтерес до біоінформатики, познайомилися з колегами та навчилися нюансам в роботі з геномними даними, про що потім робили зустрічі в Україні.

Зараз BioLabTech шукають собі спеціаліста на позицію Field Application Scientist in Next Generation Sequencing. Нижче прикріплюю опис позиції. Важливо: якщо ви не на 100% підходите під вимоги, проте вважаєте, що ви є гарним кандидатом на цю позицію, зв'яжіться з компанією. Можлива програма інтенсивної освіти.

Деталі у повідомленні вище. Контакт для надсилання резюме: hr@biolabtech.com.ua

Чи ви знали, що сьогодні проводяться акції, присвячені до Дня рідкісних захворювань?
Ми з колегами з інституту беремо участь в заході під егідою Pro Rare Austria.

В кожного з нас може бути рідкісна хвороба, бо "none of us is protected by statistics" © EURORDIS. Кожна людина з рідкісною хворобою заслуговує на гідну якість життя.

Ви можете дізнатися більше про рідкісні хвороби тут:


https://www.eurordis.org/content/what-rare-disease

https://rarediseases.info.nih.gov/diseases/pages/31/faqs-about-rare-diseases

https://rarediseases.org/for-patients-and-families/information-resources/rare-disease-information/

А якщо ви працюєте з пацієнтами, дізнайтеся, де в вашому місті чи області є медико-генетична консультація, щоб надати цю інформацію в разі потреби. Show your care.

PhD-студенти першого року Ludwig Boltzmann Institute for Rare and Undiagnosed Diseases

📢 Знаю, що на канал підписані люди, які працюють у вимірі української науки. Вам може бути цікаво: МОН оголосив про початок конкурсу спільних українсько-австрійських науково-дослідних проєктів. Лінк: http://bit.ly/konkurs-ua-at

Судячи з інформації з Австрійської сторони, обсяг фінансування до € 11 000 на проєкт. Як на мене, цікава можливість.

Тому нагадаю, що наша група займається дослідженнями патології печінки (рідкісні хвороби, NAFLD, NASH, портальна гіпертензія, тощо). Якщо ви працюєте в цьому напрямі — напишіть мені, буду радий поспілкуватися.

Якщо ж ви працюєте у Biomedical Research, але у іншому напряму, то надаю посилання на інститути, з якими я афілійований:
https://cemm.at/research/groups/ (розділи "Groups" та "Adjunct PIs")
https://rud.lbg.ac.at/en/research
Інститути співпрацюють з багатьма групами в інших країнах, тому є сенс написати з пропозицією до певної групи, якщо вважаєте, що наукові напрями перетинаються.

Поширте інформацію серед колег та подавайтеся 👩‍🔬👨‍🔬🧬🔬

🖥 Мені порекомендували цікавий конкурс, ділюся.

Albert And Mary Lasker Foundation, які вручають престижну нагороду Lasker Award за досягнення в медичних науках, роблять конкурс есе. Брати участь можуть студенти-медики, інтерни, наукові співробітники, PhD студенти та постдоки, які працюють в біомедичних науках.

Переможці отримають поїздку в Нью-Йорк на 2020 Lasker Award у вересні й можливість поспілкуватися з переможцями премії. Й бонусом $10 000 отримає інститут чи університет переможця.

Есе має бути до 800 слів, написано англійською та за темою: "Describe how a notable scientist (such as a Lasker Laureate) has inspired you – through their personality or life experiences and/or through their scientific contributions.".

Дедлайн: 31 березня 2020, 15:00 EST (22:00 за Київським часом).
Посилання: http://www.laskerfoundation.org/programs/lasker-foundation-essay-contest/

Не забудьте поділитися з колегами 👨‍🔬👩‍🔬

Розповідаю про цікавий проєкт. Яна, автор цього блогу, є випускницею хіміко-біологічного класу ліцею з Хмельницького, яка цікавиться генетикою та генною інженерією. А ще вона бере участь в програмі "Дівчата STEM".

Вважаю, що її блог треба підтримати підписками, якщо вам також цікава генетика. Тобто це саме ви, бо що б ви тут інакше робили? :)
Лінк: http://bit.ly/2QgO8e1

Вчора ми з командою ГО "Геноміка ЮА" провели вебінар "Регуляція геному на рівні хроматину та методи її дослідження". Лекторкою була Юлія Ситнікова, постдок-дослідниця з Harvard Medical School.

Вийшло понад дві години дуже цінного контенту. Особисто для мене це був найкращий огляд по хроматину, який я зустрічав. Враховуючи, що це є сьогодні "hot topic" в дослідженнях і має неабиякий трансляційний потенціал, дуже рекомендую для перегляду.

Посилання: http://bit.ly/3d0WY9u

Сьогодні вийшла публікація в Nature Medicine про походження SARS-CoV-2: "The proximal origin of SARS-CoV-2".
Там багато про генетику вірусу, цікаве читання. Зокрема, там є таке речення:
"Our analyses clearly show that SARS-CoV-2 is not a laboratory construct or a purposefully manipulated virus".
Тобто, illuminati disconfirmed 👽
(чи ні?)

Features of the spike protein in human SARS-CoV-2 and related coronaviruses.
a, Mutations in contact residues of the SARS-CoV-2 spike protein. The spike protein of SARS-CoV-2 (red bar at top) was aligned against the most closely related SARS-CoV-like coronaviruses and SARS-CoV itself. Key residues in the spike protein that make contact to the ACE2 receptor are marked with blue boxes in both SARS-CoV-2 and related viruses, including SARS-CoV (Urbani strain).
b, Acquisition of polybasic cleavage site and O-linked glycans. Both the polybasic cleavage site and the three adjacent predicted O-linked glycans are unique to SARS-CoV-2 and were not previously seen in lineage B betacoronaviruses.
(джерело: публікація з попереднього допису)

"Сенсація! Терміновий репост! ВООЗ офіційно заявила, що препарат Х слід/не слід призначати при COVID-19!"

У цей час особливо важливо критично ставитися до інформації із ЗМІ. Що не так з історією про ібупрофен та COVID-19, яка "заражає" уряди та великі медіакомпанії? Дізнайтеся з моєї статті "Check thy evidence: ibuprofen menace (or not)".

Прочитати можна у фейсбуці:
https://www.facebook.com/p.alexandr.od/posts/2818351914925026
Чи в LinkedIn:
https://www.linkedin.com/pulse/check-thy-evidence-ibuprofen-menace-oleksandr-petrenko/

Ілон Маск, Уляна Супрун та діяч, який надавав тренінги, де йшлося про протидію громадським активістам. В контексті того, як активісти знайшли в дитячому відділенні Інституті серця людину, яка була фігурантом справи про вбивство, пізніше засуджену.

Що з цим не так та що таке "принцип нерукостискання"? Написав у своїй останній замітці:

https://www.facebook.com/p.alexandr.od/posts/2848690221891195

🧬 В CeMM та Medizinische Universität Wien зараз діє проєкт з мутаційної динаміки SARS-CoV-2 в Австрії. Його метою є секвенування 1000 вірусних геномів австрійських пацієнтів, щоб краще зрозуміти перебіг пандемії та біологію самого патогену.

Перші 21 геномів вже просеквеновані та викладені у відповідні бази даних. Деталі тут: https://bit.ly/347MSPU.

А якщо ви раптом займаєтеся біоінформатикою, то є можливість перейти на ці бази даних й попрацювати з сіквенсами SARS-CoV-2. Мабуть, саме ви зможете зробити вклад у боротьбу с пандемією?

Тренуюся будувати та аналізувати мережі. Знайшов цікавий алгоритм, в який можна закинути текст, а вихідні дані використовувати для мереж. Використав текст з усіх публікацій на цьому каналі. Після фільтрації стоп-слів виявилося, що найбільше я пишу про PhD, лікування, пацієнтів, та гени. Схоже на правду.
Всього вийшло 4111 nodes (унікальних слів) та 11109 edges (взаємозв'язків між ними).

Мережі використовуються багато де, наприклад, для аналізу взаємодій типу "ген-ген" та "протеїн-протеїн" чи змішаних, для побудови метаболічних шляхів, тощо. Функція цього конкретного алгоритму полягає в аналізі текстів для того, щоб виявити, чи сфокусовані вони на одному об'єкті чи на різних темах, наскільки текст ймовірно упереджений, чи навпаки представляє різні позиції, тощо.

Коли-небудь напишу детальніше п,ро мережі в біології та медицині, а для тих, хто цікавиться біоінформатикою, залишаю лінк:
https://github.com/noduslabs/infranodus

P.S: якщо хтось знає, де достати перелік "стоп-слів" української мови, дайте знати, вручну їх видаляти дуже довго :)

З перших років навчання в медичному університеті я був захоплений нейронауками, і навіть зараз інколи читаю пов'язані статті (бо про транспозони при хворобах печінки, наприклад, не дуже публікують). Хоча для мене це захоплення стало лише хобі, буває цікаво дізнатися, що там відбувається в нейронауках з клінічної сторони.

Рекомендую блог Максима Розяєва, дитячого невролога, який пише доказово для пацієнтів та колег. Мені особливо сподобалася його публікація "Розлади спектру аутизму", в якій є витримка з відмінностей діагнозу МКХ-10 VS МКХ-11, критерії, та сучасні терапевтичні підходи. Я зустрічався з такими пацієнтами й знаю, що інформування про цю тему не дуже добре.

Пише він на своїй фейсбук-сторінці, на особистому сайті та на телеграм-каналі @go_neuro. FYI для тих, хто цікавиться неврологією.

P.S: якщо читаєте блоги українських доказових лікарів, поділиться лінками, давайте зробимо таку інформацію ще популярнішою.